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学会Sigmaplot,让美腻配图给论文加分

SigmaPlot 是一个专业的科研绘图软件。《Science》、《Nature》中大部分图表都是出自 SigmaPlot 之手。如果你没有使用过 SigmaPlot,那么你开始使用的时候会遇到许多问题。甚至不知道里面的 xy pair, single Y 等等之类是什么意思。

 

今天就来以一个最基本的柱状图为例来说明它的使用。我们认为对于图表绘制,最大的难点在于数据在表格中的排列格式。如果你搞清了各种数据在表格中按照怎样的格式输入,那么你就能做出各种各样的图表。

 

首先我们来看看下面这个带标准差值的柱状图(图一)。我们假设这个图表是要描述某个指标在肿瘤组和正常组的若干个病人中的表达情况。两组的指标的均值我们已经计算出来,标准差也计算出来了。我们看看图表中的数据输入格式,并对照最终生成的图表。非常明显。第一根柱子对应表格中的第一行。第二 根柱子对应第二行。每一行的第三列,分别填上相应组别标准差的值。对于使用此软件次数很少的人来说, 应该先掌握这种简单的数据输入格式。标准差、均值等可以先通过另外的软件计算出来后填入,然后作图。

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(图一)

或许你不屑一顾的认为这种图 Excel 也可以做啊。是的,这种图 Excel 是可以做,但是初学者先从简单的数据排列简单的图表练习起来,随着我们的之后讲解的深入,那些图表,Excel 就不一定好做了,或者做起来很复杂。

 

好的,我们就从头来看看这个是如何做出来的吧。

 

假设你已经安装好了 SigmaPlot,我这里使用的是 SigmaPlot 11.0 版本。先打开软件,出现的向导页面点击取消。然后出现的是图二的画面。点击工具栏中的新建图标,新建一个所谓的 notebook。(之后的 表格、图表等都将会自动放置在这个 notebook 里面)

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(图二)

然后就出现图三的界面。出现了一个空白的表格。会用 Excel 的人都知道如何往里面输入数据的。只需要单击相应的单元格选中,就可以依次输入数据了。对照图四的数据排列结构输入数据吧。第一行表示第一根柱子的数值。第二行表示第二根柱子的数值。第一列表示组别(X 值),第二列表示每组的指标的数值(Y 值),对于柱子的高度,第三列表示每组数值的标准差(对应柱子上的误差线)

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(图三)

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(图四)

如果你数据输入完成了 ,接下来就是重点了。接下来我们来根据这个数据表制作柱状图。

首先我们在列的顶端点击鼠标拖动选中这三列。如图五

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(图五)

然后选择左边竖柱状图表图标,并在出现的子图表类型中选择如图六所示的带误差线的柱状图图表类型。

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(图六)

如图七跳出的窗口中,确保symbol values下面选中是 worksheet columns(一般默认的就是选中的这个),表示接下来的绘图通过表格的列中的数据直接完成。接下来点击下一步。

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(图七)

接下来出现图八的界面,这个界面是很多人迷糊的地方。XY Pair 表示表格中给出了 X 值和 Y 值。比如我们就给出了横坐标分“肿瘤组”和“正常组”,纵坐标就是 Y 值,表示柱子的高度,这里表示肿瘤组和正常组某个指标的数值。后面的标准差只是附带的写在 Y 值的后面一列。Single Y 表示表格中只给出 Y 的值。 但是显然绘图都必须要有 x 值,这种情况下 x 值软件会自动用前面的序号代替。比如图九。注意观察它数 据表中的排列。图九在作图的时候就选择 Single Y。这里我们是选择 XY Pair 的。然后点击下一步。

 

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(图八)

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(图九)

出现的图十的窗口已经自动将 X 值、Bar 值(柱子高度 Y)以及误差线的高度(sd 值)和数据表中的列一一对应了起来。注意,如果作图前丌事先选择要作图的三列的话,到这一步就需要手动设立对应关系 的。我们这里丌再需要只需要点击“完成”。

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(图十)

如图十一。初步的图表就完成了。注意看图中的图表和表格数值的一一对应关系。知道了这些你就可以方便的自己应用

 

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(图十一)

上面是最核心的内容。当然这张图片还非常不美观。以及图表标题、图例等各种信息都需要修改。修改比较简单,实际上你只需要在你需要修改的内容上双击鼠标就可以修改相关内容的格式和内容了。

 

好啦,接下来我们看看如果导出这张图片以便应用到幻灯片或者论文中去吧。因为如果你是一个初学 者,你需要看到一个从打开,到建立,到导出,到保存这样一个完整的过程。

 

 如图十二。你可以确保你选中的是这张图表的所在的窗口。然后点击“file”(文件)菜单中的“export”(导出),然后选择子菜单中的 export file(导出文件)。

 

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(图十二)

再弹出的保存窗口中选择一种你想保存的图片格式(图十三)。如果只是使用在幻灯片中,那么保存 jpg 格式就可以了。如果要发表论文,那么你可以选择 tif 格式,tif 格式文件比较大,由于图表多是黑白以及颜色种类不多的图片,你可以选择“TIFF RGB Compressed(压缩的 RGB 色彩模式的 tiff 格式)这个保存格 式。如果你对软件比较在行,可以导出成 eps 格式戒者 pdf 格式然后在 illustrator 等软件内做迚一步的美 化修剪处理。

 

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(图十三)

点击下一步之后,出现导出设置窗口(图十四)。默认的导出大小是以 A4 纸张大小导出的。你可以保持不动,也可以进行修改。下面的 dpi(每英寸点数)数值越大导出的图片越大。如果保持上面的 A4 纸张 大小,这里的 dpi 设置 400-600 就可以满足最终打印线图 1000dpi 的需求。(当然啦,如果是发表论文, 最终图片是需要经过 photoshop 等软件修剪整理的)。最下面的 color depth(颜色的位数),为了让你打开 photoshop 修改图片的时候一切顺利,就选择 24 位吧。

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(图十四)

如图十五,是我修改了柱形图中柱子的填充后导出的,100%显示,非常清晰。可以将图片用 photoshop进行进一步的裁剪,以及和其他图片图表拼接在一起组成一张 fig。图十六

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(图十五)

最后你可以选择 file-save 戒 save as 将这个 notebook 保存,以便今后继续使用现在的表格和图表。 如图十七。

 

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(图十六)

最后你可以选择 file-save 戒 save as 将这个 notebook 保存,以便今后继续使用现在的表格和图表。 如图十七。

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(图十七)

好了,今天的讲解就到这里结束。希望大家明白绘制图表的时候数据的排列是很重要的。另外希望大 家懂得 XY Pair 和 Single Y 是什么意思,SigmaPlot 是怎么用之作图的。

(来源:斐然智达SCI学术服务)

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