一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

*使用的cif 的参考文献:J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1304.

1.用diamond 打开cif 文件,相信这个大家都会。

2.整理结构,增减原子直到作出一个完整的框架,我只做了文献Fig1 中的一个框架,做两个只是花点时间重复操作而已。图形如下:

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

3.作出Zn 原子的多面体:点击diamond 最上方的按钮“Build-Polyhedra-Add Polyhedra”

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

出现如上面板,将Central atom groups 指定为Zn,Ligand atom groups 指定为O,然后确定,就得到Zn 的多面体图。

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

默认的多面体是白色的,可以自行调整颜色。用鼠标选中所有原子,右击鼠标点“Edit-PolyhedronDesigns…”在Fill Color 处改颜色;在other 里修改Ligand 原子半径,改为1。

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

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改完后得到下图:

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

4.下面作出哑原子:选中任意两个处于体对角线的对称原子,或者全部原子(选全部原子要求结构框架是完整的,不然哑原子不落在空穴的中心),之后点击“Structure-Insert Atom…”,确定后在空穴的中心出现一个哑原子。

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

5.编辑哑原子:选中哑原子,右击鼠标“Edit-Atom Designs…”,先改颜色,再改半径。

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

将半径改成9(或者你自己喜欢的其他大小),点“apply now”,会出现警告提示,不管它,点确定。

然后点“Close”就好了!

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

然后调整角度,直到你自己满意为止。

6.保存图片:目前的分辨率是很低的,首先要调整一下分辨率:点“Picture-Layout…”

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

选用Bitmap,设定Resolution 为600,这样就可以提高分辨率了。在Backgroud 里可以改背景色。

最后Save as-Save Graphic as-选TIF 的格式,保存就得到一张图片。

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

这样得到的图片尽管很清晰,但是仍然达不到出版的要求,最好用photoshop 打开,重新改一下分辨率和图片的大小(大小改成7~9cm,分辨率改成600 一般就没问题了)。

#如果希望图片更加绚烂,比如有金属效果,倒影等等,就需要用到Pov-ray 了,这要求你首先要安装Povray 软件。

Povray 软件是免费的,目前稳定的版本是3.6 版,可以从它的主页上下载:

http://www.povray.org/download/

如果你安装了povray,diamond3.1 是可以调用它的。

点击“Tools-Pov-ray-Global Setting”

在Objects 里面挑选你喜欢的材质,选Metallic 就是金属效果,会出倒影。

在Backgroud 里改背景颜色或者背景图片,这个也会使你的图很炫。

在Bottom 改一些特效,在Lights 改灯光效果,有兴趣的的同学可以研究一下,当然这两项也很复杂。

改好以后点击“Tools-Pov-ray-Preview”预览一下效果。

点击“Tools-Pov-ray-Render into bitmap”就可以保存成图片了,注意要先取个文件名。

看看你的图片,是不是很绚烂?(个人觉得太炫的图不适合发表文章,只适合做报告用,个人意见哦!)

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构

 

最后说一点,在螺旋链中间做一个柱子的方法,和上面是一样的,只不过需要做两个哑原子,然后把两个哑原子连成一条键一步步教你利用diamond画出漂亮的晶体结构,修改一下键的半径和颜色就能达到要求了,这里就不详细写了。

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